Lepsis firmò coi Denver Broncos dopo non essere stato scelto nel Draft NFL 1997. Coi Broncos nel 1998 vinse il Super Bowl XXXIII superando gli Atlanta Falcons[1]. Nel 2004 non saltò un solo snap offensivo della sua squadra concedendo solo 15 sack, un nuovo record di franchigia che eclissò il precedente primato di 22 sack, stabilito nel 1971.
Nella settimana 7 della stagione 2006 subì un infortunio nella vittoria 17-7 sui Cleveland Browns che gli fece perdere tutto il resto della stagione. Tornato nel 2007, subì un altro grave infortunio che gli fece ancora perdere la stagione. Il 12 febbraio 2008 si ritirò definitivamente.